Tháng 9/2008, Mentor Entertainment kiện Lee Jun Ki phải đền bù 1,5 tỉ won vì vi phạm hợp đồng. Trong trường hợp Mentor thắng, Lee có thể sẽ phải dừng toàn bộ hoạt động của mình cho tới năm 2013. Tuy nhiên sau đó, vụ kiện đã được cả hai bên giải quyết ổn thoả. Lee đồng ý tiếp tục ở lại Mentor, và đã cùng Mentor thảo luận lại về các hợp đồng đã ký. Cuối cùng Lee và Mentor đã giải quyết xong tất cả những hiểu lầm và vướng mắc giữa hai bên, và tiếp tục duy trì mối quan hệ. Tuy nhiên, Mentor sẽ không rút lại vụ kiện đối với người quản lý cũ của Lee là Mr Kim, người đã có lỗi lớn trong sự việc lần này. Về sự việc lần này, Lee cho biết: "Tôi thành thật gửi lời xin lỗi đến người hâm mộ, và hi vọng mọi việc sau này sẽ tốt đẹp hơn, từ tận đáy lòng, tôi xin cảm ơn các fan đã luôn ủng hộ tôi".[3]